Organem uprawnionym do reprezentacji Towarzystwa jest Zarząd TWE. W jego skład wchodzą następujące osoby:

• Prof. Zbigniew Zaleski – Przewodniczący Zarządu;
• Paweł Markiewicz – Zastępca Przewodniczącego;
• Andrzej Chaciołka – Członek Zarządu;
• Karolina Grochowicz – Sekretarz;
• Piotr Majchrzak – Skarbnik.

Organem nadzoru jest Komisja Rewizyjna TWE. W jego skład wchodzą następujące osoby:

• Roman Basta;
• Urszula Borowiec;
• Przemysław Grzebuła.

Najwyższą władzę Towarzystwa stanowi Walne Zebranie Członków TWE w jego skład wchodzą wszyscy członkowie Towarzystwa.

W ramach Towarzystwa zostały powołane do życia następujące grupy inicjatywne: Platforma Projektów Europejskich, Komitet Opieki nad Grobami oraz Grupa Akademicka. Wyodrębnione podmioty w zamierzeniu obejmują trzy sfery działalności Towarzystwa:

• realizację projektów w zakresie popularyzowania wiedzy o Unii Europejskiej oraz mających na celu aktywizację współpracy pomiędzy Regionem Lubelskim a Unią Europejską;
•  współpracę z organizacjami zagranicznymi przy realizacji projektów mających na celu odnowę cmentarzy z czasów I wojny światowej;
• działalność akademicko – naukową